#Nexus
[Bermingham,E. and Martin,A.P. Comparative mtDNA phylogeography of neotropical freshwater fishes:testing shared history to infer the evolutionary landscape of lower Central America Mol. Ecol. 7 (4), 499-517 (1998)]
[Created: 7/1/99;12:20:44]
Begin Data;
Dimensions NTAX=16 NChar=1544;
Format Missing=? Gap=- Datatype=DNA Interleave;

Matrix
[atpase 6,8]
  'AM-189'    ATGCCACAGTTGCACCCGGCACCCTGATTCACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTAATTTTCTTAACCATTATTCCATCTCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGAGCCCTCAACAGTAAATGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAATTTGAAACTGACCATGATAGCAAACCTTTTCGATCAATTCATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCCCTCATTGTAATTGCCATAACCCTCCCCTGAGCAATATACCCTTCCCCCGCCTCACGGTGACTGAATAGCCGCATGATTGCCCTACAAAGCTGGCTCTTCAACCGATATACACACCAGCTTCTTCTGCCTGTTAGCACAAAAGGGCATAAATGAGCCCTCATCCTAACCTCCTTAATAACATTCTTAATTACCCTAAATGTTATGGGGCTCCTCCCATACACTTTCACCCCCACCACCCAATTATCCTTAAATATGGGACTAGCCCTGCCATTTTGACTAGCAACAGTGCTCATCGGCCTGCGTAACCAACCAACTGCCTCCCTCAGCCACCTCCTCCCAGAAGGAACCCCTATTCCTCTTATCCCAATCCTCATCATTATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGGCCCCTTGCCCTGGGGGTGCGGCTAACAGCCAACCTCACAGCCGGCCACCTCCTCATCCACCTAATTGCATCCACAGTTATAGCACTAGCACCAATAATAACAACCATGGCCTTATTGACAGCTGTTGTTCTAATTCTTTTAACAATTCTCGAAATTGCAGTAGCTGTAATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTAACCCTATATCTACAAGAAAACGTATAA
  'AM-270'    ATGCCACAATTGCACCCGGCACCCTGATTTACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTGATTTTCTTAACCATTGTCCCATCTCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGAGCCCTCAACAGTAAATGCCAAAAAAGCCAAAACTAAAATTTGAAACTGACCATGATAGCAAACCTTTTCGACCAATTCATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCCCTCATTGTAATTGCCATAACCCTCCCCTGAGCAATATATCCTTCCCCTACCTCACGGTGACTGAATAGCCGCATGATTGCCCTACAAAGCTGGTTCTTCAACCGATACACACACCAGCTTCTTCTGCCTGTTAGCACAAAAGGGCATAAATGAGCCCTCATCCTAACCTCCTTAATAACATTCTTAATTACCCTAAATGTTATAGGACTCCTCCCATACACTTTCACCCCCACCACCCAATTATCTTTAAATATAGGACTAGCCCTGCCATTTTGACTAGCAACAGTGCTCGTCGG?CTGCGTAACCAACCAACTGCCTCCCTCAGCCACCTCCTCCCAGAAGGAACCCCTATTCCTCTTATCCCCATCCTCATCATCATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGACCCCTTGCTCTAGGAGT?CGGCTAACAGCCAACCTCACAGCCGGCCACCTCCTCATCCACCTAATTGCATCCACAGTTATAGCACTAGCACCAATAGTAACAACCATGGCCTTATTGACAGCTGTTGTCCTAATTCTTTTAACAATTCTCGAAATTGCAGTAGCTGTAATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTAACCCTATATTTACAAGAAAACGTATAA
  'AM-274'    ATGACACAGTTGCACCCGGCACCCTGATTCACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTAATCTTCTTAACCATTATTCCACCCCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGAGCCCTCAACAGCAAACGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAATTTGAAACTGACCATGATAGCAAACCTTTTTGATCAATTCATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCCCTCATTGTAATTGCCATAACCCTCCCCTGAGCAATATACCCTTCCCCCGCCTCACGGTGACTGAATAGCCGCATGATTGCCCTACAAAGCTGGTTCTTCAACCGATACACACACCAGCTTCTTCTGCCTGTTAGCACAAAAGGGCATAAATGAGCCCTCATCCTAACCTCCTTAATAACATTCTTAATTACCCTAAATGTTATGGGGCTCCTCCCATACACTTTCACCCCTACCACCCAATTATCCTTAAATATGGGTCTAGCCCTGCCATTTTGACTAGCAACAGTGCTCATCGGCCTGCGTAACCAGCCAACTGTCTCCCTCAGCCACCTCCTCCCAGAAGGAACCCCTATTCCTCTTATCCCAATCCTCATCATTATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGCCCCCTTGCCCTGGGAGTGCGGCTAACAGCCAACCTCACAGCCGGCCACCTCCTCATCCACCTAATTGCATCCACAGTTATAGCACTAGCACCAATAATAACAACCATGGCCTTATTGACAGCTGTTGTTCTAATTCTTTTAACAATCCTCGAAATTGCAGTAGCTGTAATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTGACCCTATATTTACAAGAAAACGTATAA
  'AM-281'    ATGACACAGTTGCACCCGGCACCCTGATTTACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTGGTTTTCTTGACCATTATTCCATCTCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGAGCCCTCAACAGTAAATGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAATTTGAAACTGACCATGATAGCAAACCTTTTCGACCAATTCATAAGCCCCACCTTTCTAGGTCTCCCTCTCATTGTAATTGCCATAATCATCCCATGAGCAGCATACCCTTCCCCCGCCTCACGGTGGCTGAACAGCCGCATGATTGCCCTACAAAGCTGGTTCTTCAACCGATACACACACCAGCTTCTTCTGCCTGTTAACACAAAAGGACATAAATGAGCCCTCATCCTCACCTCCCTAATAACATTCTTGATTACCCTAAATGTTATGGGGCTCCTCCCCTACACTTTTACCCCCACCACCCAGTTATCCTTAAACATAGGGCTAGCTCTGCCATTTTGACTAGCAACAGTGCTCATTGGGCTGCGCAACCAACCAACTGCCTCCCTCAGCCACCTCCTCCCGGAAGGGACCCCCATTCCTCTCATCCCAATCC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCTGTTCTGATTCTTTTAACAATTCTCGAAATTGCAGTAGCTGTAATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTAACCCTATATTTACAAGAAAACGTATAA
  'AM-309'    ATGCCACAGTTGCACCCGGCACCCTGATTTACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTGGTTTTCTTGACCATTATTCCATCTCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGAGCCCTCAACAGTAAATGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAATTTGAAACTGACCATGATAGCAAACCTTTTCGACCAATTCATAAGCCCCACCTTTCTAGGTCTCCCTCTCATTGTAATTGCCATAATCATCCCATGAGCAGCATACCCTTCCCCCGCCTCACGGTGGCTGAACAGCCGCATGATTGCCCTACAAAGCTGGTTCTTCAACCGATACACACACCAGCTTCTTCTGCCTGTCAACACAAAAGGACATAAATGAGCCCTCATCCTCACCTCCCTAATAACATTCTTGATTACCCTAAATGTTATGGGGCTCCTCCCCTACACTTTTACCCCCACCACCCAGTTATCCTTAAACATAGGGTTAGCTCTGCCATTTTGACTAGCAACAGTGCTCATTGGCCTGCGCAACCAACCAACTGCCTCCCTCAGCCACCTCCTCCCGGAAGGGACCCCTATTCCTCTCATCCCAATCCTCATTGTTATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGACCGCTTGCCCTGGGGGTGCGGCTAACAGCCAACCTCACAGCCGGCCACCTCCTCATTCACCTAATCGCATCCACAGTTATAGCACTAGCACCAATAATAACAACCATGGCCCTGTTAACAGCTGTTGTTCTGATTCTTTTAACAATTCTCGAAATTGCAGTAGCTGTAATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTAACCCTATATTTACAAGAAAACGTATAA
  'NIDN-30'   ATGCCACAGTTGCACCCGGCACCCTGATTTACCGTCCTTGCCCTCTCGTGACTGATTTTCTTAACCGTTATTCCATCTCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGAGCCCTCAACAGTAAATGCCGAGAAAGCTAAAACTAAAATTTGAAACTGACCATGATAACAAACCTTTTCGACCAATTCATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCCCTCATTCTAATTGCCATAACCCTCCCCTGAGCAATATACCCTTCCCCCGCCTCACGGTGACTGAATAGCCGTATGATTGTACTACAAAGCTGGCTCTTCAACCGATACACACACCAGCTTCTTCTGCCTGTTAACACAAAAGGACATAAATGAGCCCTCATCCTAACCTCCTTAATAACATTCTTAATTACCCTAAATGTTATAGGGCTCCTCCCATACACTTTCACCCCCACCACCCAATTATCCTTAAATATAGGACTAGCCCTGCCATTTTGACTAGCAACAGTGCTCGTCGGCCTGCGTAATCAACCAACTGCCTCCCTCAGCCACCTCCTCCCAGAAGGAACCCCTGTTCCTCTTATCCCAATCCTCATCATCATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGACCCCTTGCCCTAGGGGTACGGCTAACAGCCAACCTCACAGCCGGCCACCTCCTTATCCACCTAATTGCATCCACAGTGATAGCACTAGCACCAATAATAACAACCATGGCCTTATTGACAGCTGTTGTCCTAATTCTTTTAACAATTCTCGAAATTGCAGTAGCTGTAATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTAGCCCTATATTTACAAGAAAACGTATAA
  'NIDN-69'   ATGCCACAGTTGCACCCGGCACCTTGATTTACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTGATTTTCTTAACCATTATTCCATCTCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGAGCCCTCAACAGTAAATGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAACTTGAAACTGACCATGATAGCAAACCTTTTCGACCAATTTATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCCCTTATTGTAATTGCCATAACCCTCCCCTGAGCAATATATCCTTCCCCCACCTCACGGTGACTGAATAGCCGCATAATTGCCCTACAAAGCTGGTTCTTCAGCCGATACACACACCAACTTCTTCTGCCTGTTAATACAAAGGGGCATAAATGAGCCCTCATCTTAACCTCCTTAATAACATTCTTGATTACCCTAAATGTTATGGGGCTCCTCCCCTACACTTTCACCCCTACCACCCAATTATCCTTAAATATGGGGCTAGCCCTGCCATTTTGACTAGCAACAGTGCTCGTCGGCCTGCGTAATCAACCAACTGCCTCCCTCAGCCACCTCCTCCCAGAAGGGACCCCTGTCCCTCTTACCCCAATCCTCATTATCATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGACCCCTTGCCCTAGGGGTACGGCTAACAGCCAACCTCACAGCCGGTCACCTCCTTATTCACCTAATCGCATCCACAGTAATAGCACTAGCACCAATAATAACAACCGTGGCCTTATTGACAGCGGTTGTCCTCATTCTTTTGACGATTCTCGAAATTGCAGTAGCTGTAATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTAACCCTATATTTACAAGAAAACGTATAA
  'STRI-100'  ATGACACAGTTGCACCCGGCACCCTGATTCACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTAATTTTCTTAACCATTATTCCATCCCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGTGCCCTCAACAGTAAACGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAATTTGAAACTGACCATGATAACAAACCTTTTTGATCAATTCATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCCCTCATTGTAATTGCCATAACCCTCCCCTGAGCAATATACCCTTCTCCCGCCTCACGGTGACTGAATAGCCGCATGATTGCCCTACAAAGCTGGTTCTTCAACCGATATACACACCAGCTTCTTCTGCCTGTTAGCACAAAAGGGCATAAATGAGCCCTCATCCTAACCTCCTTAATAACATTCTTAATCACCCTAAATGTTATGGGGCTCCTCCCATACACTTTCACCCCCACCACCCAATTATCCTTAAATATGGGCCTAGCCCTGCCATTTTGACTAGCAACAGTGCTCATCGGTCTGCGTAACCAGCCAACTGCCTCCCTCAGCCACCTCCTCCCAGAAGGACCCCCTATTCCTCTTATCCCAATCCTCATCATTATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGGCCCCTTGCCCTGGGGGTGCGGCTAACAGCCAACCTCACAGCCGGCCACCTCCTCATCCACCTAATTGCATCCACAGTTATAGCACTAGCACCAATAATAACAACCATGGCCTTATTGACAGCTGTTGTTCTAATTCTTTTAACAATTCTCGAAATTGCAGTAGCTGTAATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTGACCCTATATCTACAAGAAAACGTATAA
  'STRI-1466' ATGCCACAATTGCACCCGGCACCCTGATTTACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTGGTTTTCTTAACCATTATTCCATCTCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGAGCCCTCAACAGTAAATGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAATTTGAAACTGACCATGATAGCAAATCTTTTCGACCAATTTATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCCCTCATTGTAATTGCCATAACCCTCCCCTGAGCAATATATCCTTCCCCCGCCTCACGGTGACTGAATAGCCGCATGATTGCCCTACAAAGCTGGTTCTTCAACCGATACACACACCAACTTCTTCTGCCTGTTAGCACAAAGGGGCATAAATGAGCCCTCATCCTAACCTCCTTAATAACATTCTTAATTACCCTAAATGTTATGGGGCTCCTCCCCTACACTTTCACCCCTACCACCCAATTATCCTTAAATATGGGACTAGCCCTGCCATTTTGACTAGCAACAGTGCTCGTCGG?CTGCGTAATCAACCAACTG?CTCCCTCAGCCACCTCCTCCCAGAAGGAACCCCTGTTCCTCTTATCCCAATCCTCATCATCATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGACCCCTTGCCCTAGGGGTGCGGCTAACAGCCAACCTCACAGCCGGCCACCTCCTTATTCACCTAATCGCATCCACAGTAATAGCACTAGCACCAATAATAACAACCGTGGCCTTGTTGACAGCTGTTGTCCTCATTCTTTTGACAATTCTCGAAATTGCAGTAGCTGTAATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTAACCCTATATTTACAAGAAAACGTATAA
  'STRI-1552' ATGCCACAGTTGCACCCGGCACCCTGATTTACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTAATTTTCTTAACCATTATTCCATCTCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGAGCCCTCAACAGTAAATGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAATTTGAAACTGACCATGATAGCAAACCTTTTCGACCAATTTATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCCCTTATTGTAATTGCCATAACCCTCCCCTGAGCAATATATCCTTCCCCCGCCTCACGGTGACTGAATAGCCGCATGATTGCCCTACAAAGCTGGTTCTTCAACCGATACACACACCAGCTTCTTCTGCCTGTTAGCACAAAAGGGCATAAATGAGCCCTTATTCTAACCTCCTTAATAACATTCTTGATTACCCTAAATGTTATGGGGCTCCTCCCCTACACTTTCACCCCTACCACCCAATTATCCTTAAATATGGGACTAGCCCTGCCATTTTGACTAGCAACAGTGCTCGTCGGCCTGCGTAATCAACCAACTGCCTCCCTCAGCCACCTCCTCCCAGAAGGAACCCCTGTTCCTCTTATCCCAATCCTCATCATCATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGACCCCTTGCCCTAGGGGTACGGCTAACAGCCAACCTCACAGCCGGTCACCTCCTTATTCACCTAATCGCATCCACAGTAATAGCACTAGCACCAATAATAGCAACCGTGGCCTTATTGACAGCTGTTGTCCTCATTCTTTTGACAATTCTCGAAATTGCAGTAGCTGTAATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTAACCCTATATTTACAAGAAAACGTATAA
  'STRI-1648' ATGACACAGTTGCACCCGGCACCTTGATTTACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTGATTTTCTTAGCCATTATTCCATCTCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGAGCCCTCAACAGTAAATGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAACTTGAAACTGACCATGATAGCAAACCTTTTCGACCAATTTATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCCCTTATTGTAATTGCCATAACCCTCCCCTGAGCAATATATCCTTCCCCCACCTCACGGTGACTGAATAGCCGCATAATTGCCCTACAAAGCTGGTTCTTCAGCCGATACACACACCAACTTCTTCTGCCTGTCAATACAAAGGGGCATAAATGAGCCCTCATCTTAACCTCCTTAATAACATTCTTGATTACCCTAAATGTTATGGGGCTCCTCCCCTACACTTTCACCCCTACCACCCAATTATCCTTAAATATGGGGCTAGCCCTACCATTTTGACTAGCAACAGTGCTCGTCGGCCTGCGCAATCAACCAACTGCCTCCCTCAGCCACCTCCTCCCAGAAGGGACCCCTGTCCCTCTTATCCCAATCCTCATTATCATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGGCCCCTTGCTCTAGGAGTCCGGCTAACAGCCAACCTCACAGCCGGTCACCTCCTTATTCACCTAATCGCATCCACAGTAATAGCACTAGCACCAATAATAACAACCGTGGCCTTATTGACAGCGGTTGTCCTCATTCTTTTGACGATTCTCGAAATTGCAGTAGCTGTAATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTAACCCTATATTTACAAGAAAACGTATAA
  'STRI-3917' ATGCCACAGTTGCACCCGGCACCCTGATTCACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTAATTTTCTTAACCATTATTCCATCTCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGAGCCCTCAACAGTAAATGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAATTTGAAACTGACCATGATAGCAAACCTTTTCGATCAATTCATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCCCTCATTGTAATTGCCATAACCCTCCCCTGAGCAATATACCCTTCCCCCGCCTCACGGTGACTGAATAGCCGCATGATTGCCCTACAAAGCTGGCTCTTCAACCGATATACACACCAGCTTCTTCTGCCTGTTAGCACAAAAGGGCATAAATGAGCCCTCATCCTAACCTCCTTAATAACATTCTTAATTACCCTAAATGTTATGGGGCTCCTCCCATACACTTTCACCCCCACCACCCAATTATCCTTAAATATGGGACTAGCCCTG?CATTTTGACTAGCAACAGTGCTCATCGG?CTGCGTAACCAACCAACTG?CTCCCTCAGCCACCTCCTCCCAGAAGGAACCCCTATTCCTCTTATCCCAATCCTCATCATTATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGGCCCCTTGCCCTGGGGGTGCGGCTAACAGCCAACCTCACAGCCGGCCACCTCCTCATCCACCTAATTGCATCCACAGTTATAGCACTAGCACCAATAATAACAACCATGGCCTTATTGACAGCTGTTGTTCTAATTCTTTTAACAATTCTCGAAATTGCAGTAGCTGTGATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTAACCCTATATCTACAAGAAAACGTATAA
  'STRI-618'  ATGCCACAGTTGCACCCGGCACCTTGATTTACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTGATTTTCTTAACCATTATTCCATCTCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGAGCCCTCAACAGTAAATGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAACTTGAAACTGACCATGATAGCAAACCTTTTCGACCAATTTATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCCCTTATTGTAATTGCCATAACCCTCCCCTGAGCAATATATCCTTCCCCCACCTCACGGTGACTGAATAGCCGCATAATTGCCCTACAAAGCTGGTTCTTCAGCCGATACACACACCAACTTCTTCTGCCTGTTAATACAAAGGGGCATAAATGAGCCCTCATCTTAACCTCCTTAATAACATTCTTGATTACCCTAAATGTTATGGGGCTCCTCCCCTACACTTTCACCCCTACCACCCAATTATCCTTAAATATGGGGCTAGCCCTGCCATTTTGACTAGCAACAGTGCTCGTCGGCCTGCGCAATCAACCAACTGCCTCCCTCAGCCACCTCCTCCCAGAAGGGACCCCTG?CCCTCTTATCCCAATCCTCATTATCATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGACCCCTTGCCCTAGGGGTACGGCTAACAGCCAACCTCACAGCCGGTCACCTCCTTATTCACCTAATCGCATCCACAGTAATAGCACTAGCACCAATAATAACAACCGTGGCCTTATTGACAGCGGTTGTCCTCATTCTTTTGACGATTCTCGAAATTGCAGTAGCTGTAATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTAACCCTATATTTACAAGAAAACGTATAA
  'STRI-621'  ATGCCACAGTTGCACCCGGCACCTTGATTTACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTGATTTTCTTAACCATTATTCCATCTCTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAATGAGCCCTCAACAGTAAATGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAACTTGAAACTGACCATGATAGCAAACCTTTTCGACCAATTTATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCCCTTATTGTAATTGCCATAACCCTCCCCTGAGCAATATATCCTTCCCCCACCTCACGGTGACTGAATAGCCGCATAATTGCCCTACAAAGCTGGTTCTTCAGCCGATACACACACCAACTTCTTCTGCCTGTTAATACAAAGGGGCATAAATGAGCCCTCATCTTAACCTCCTTAATAACATTCTTGATTACCCTAAATGTTATGGGGCTCCTCCCCTACACTTTCACCCCTACCACCCAATTATCCTTAAATATGGGGCTAGCCCTGCCATTTTGACTAGCAACAGTGCTCGTCGGCCTGCGCAATCAACCAACTGCCTCCCTCAGCCACCTCCTCCCAGAAGGGACCCCTGTCCCTCTTATCCCAATCCTCATTATCATCGAAACAATTAGCCTATTTATTCGACCCCTTGCCCTAGGGGTACGGCTAACAGCCAACCTCACAGCCGGTCACCTCCTTATTCACCTAATCGCATCCACAGTAATAGCACTAGCACCAATAATAACAACCGTGGCCTTATTGACAGCGGTTGTCCTCATTCTTTTGACGATTCTCGAAATTGCAGTAGCTGTAATTCAAGCCTACGTATTTGTACTTCTGCTAACCCTATATTTACAAGAAAACGTATAA
  'VZ-14'     ATGCCACAGTTGCACCCGGCACCCTGATTTACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTGATTTTCTTAACCATTATTCCATCTTTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAACGAGCCCTCAGCAGTAAGCGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAATTTGAAACTGACCATGATAGCAAACCTTTTTGACCAATTCATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCTCTTATTGTAATTGCTATAACCCTCCCCTGAGCAATATACCCCTCCCCCGCCGCACGGTGGTTGAATAGCCGCATGATCGCCCTACAAAGCTGGTTCTTCAACCGATACACACACCAGCTTCTTCTGCCTGTTAGTACAAAAGGGCATAAATGAGCCCTCATCCTAACCTCCCTAATAACATTCTTAATTACCCTAAATGTCATGGGACTCCTCCCCTACACTTTCACCCCCACCACCCAACTATCCCTAAACATAGGACTAGCTCTGCCATTTTGACTAGCAACGGTGCTCGTCGGCCTACGCAACCAACCAACCG?CTCCCTTAGCCACCTCCTCCCAGAAGGAACCCCCATTCCTCTTATCCCAATCCTTATCGTCATCGAAACAATTAGCCTATTTATCCGACCGCTTGCCCTAGGAGTACGACTAACAGCTAACCTTACAGCCGGCCACCTCCTCATTCACCTAATCGCATCCACAGTTATGGCACTAGCACCTATAATAACAACCATGGCCTTATTAACAGCTGTTGTCCTGATTCTTTTAACGATTCTCGAAATCGCAGTAGCTGTCATTCAAGCCTATGTATTTGTACTTCTGCTAAC?CTGTACCTACAAGAAAACGTATAA
  'VZ-9'      ATGCCACAGTTGCACCCGGCACCCTGATTTACCATCCTTGCCCTCTCGTGACTGATTTTCTTAACCATTATTCCATCTTTGGTAATAGCCCACACCTTCCCAAACGAGCCCTCAGCAGTAAGCGCCGAAAAAGCCAAAACTAAAATTTGAAACTGACCATGATAGCAAACCTTTTTGACCAATTCATAAGCCCCACCTTTCTAGGCCTCCCTCTTATTGTAATTGCTATAACCCTCCCCTGAGCAATATACCCCTCCCCCGCCGCACGGTGGTTGAATAGCCGCATGATTGCCCTACAAAGCTGGTTCTTCAACCGATACACACACCAGCTTCTTCTGCCTGTTAGTACAAAAGGGCATAAATGAGCCCTCATCCTAACCTCCCTAATAACATTCTTAATTACCCTAAATGTCATGGGACTCCTCCCCTACACTTTCACCCCCACCACCCAACTATCCCTAAACATAGGACTAGCTCTGCCATTTTGACTAGCAACGGTGCTCGTCGG?CTACGCAACCAACCAACCG?CTCCCTTAGCCACCTCCTCCCAGAAGGAACCCCCATTCCTCTTATCCCAATCCTTATCGTCATCGAAACAATTAGCCTATTTATCCGACCGCTTGCCCTAGGAGT?CGACTAACAGCTAACCTTACAGCCGGCCACCTCCTCATTCACCTAATCGCATCCACAGTTATGGCACTAGCACCTATAATAACAACCATGGCCTTATTAACAGCTGTTGTCCTGATTCTTTTAACGATTCTCGAAATCGCAGTAGCTGTCATTCAAGCCTATGTATTTGTACTTCTGCTAAC?CTGTACCTACAAGAAAACGTATAA
[CO1] 
  'AM-189'    ??????????????????????????????????????????????????????TTCTGATTCTTCGGTCACCCAGAAGTTTATATTCTTATTTTACCAGGGTTTGGAATAGTATCACACATTGTGGCTTACTATTCCGGCAAAAAAGAACCCTTTGGTTATATAGGAATGGTATGAGCTATGATGGCAATTGGCCTACTAGGGTTCATTGTTTGAGCCCACCACATGTTTACAGTCGGGATAGATGTAGATACCCGTGCTTATTTTACATCTGCAACAATAATTATCGCAATCCCAACAGGGGTAAAAGTGTTTAGTTGACTAGCAACCCTTCATGGAGGCTCAATCAAATGGGAAACCCCGCTCCTTTGAGCCCTGGGCTTTATTTTCCTCTTCACAGTAGGGGGTTTAACAGGCATTATCCTGGCCAATTCCTCCATTGACATCTCACTCCACGACACTTATTATGTAGTAGCCCACTTCCACTACGTACTTTCTATGGGGGCTGTTTTTGCAATCATGGGGGCTTTTATCCACTGATTTCCCCTCTTCTCAGGCTATACACTCCATAATACATGAACAAAAATCCATTTTGGAGTAATGTTTGTAGGGGTTAATCTTACATTCTTCCCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'AM-270'    ??????????????????????????????????????????????????????????????????GGTCACCCAGAAGTTTATATTCTTATTTTACCAGGGTTTGGAATAGTCTCACATATTGTGGCCTACTATTCCGGCAAAAAAGAACCCTTTGGTTATATAGGAATAGTATGAGCTATAATGGCAATTGGCCTATTAGGGTTTATTGTTTGAGCCCATCACATGTTTACAGTTGGGATAGATGTAGATACCCGTGCTTATTTTACATCTGCAACAATAATTATCGCAATCCCAACAGGGGTAAAAGTGTTTAGTTGACTAGCAACCCTTCACGGAGGCTCAATCAAATGGGAAACCCCGCTCCTTTGGGCCCTGGGCTTTATTTTCCTCTTCACAGTAGGGGGTTTAACAGGCATTATCCTGGCCAATTCCTCCATTGACATCTCACTCCACGACACTTATTATGTAGTAGCCCACTTCCACTATGTACTTTCTATGGGGGCTGTTTTTGCAATCATGGGTGCTTTTATCCACTGATTCCCCCTCTTCTCAGGCTATACACTCCATAATACATGGACAAAAATCCATTTTGGGGTAATGTTTGTAGGGGTTAATCTTACA??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'AM-274'    ??????????????????????????????????????????????????????????????????GGCCACCCAGAAGTTTATATTCTTATTCTTCCCGGGTTTGGAATAGTATCGCACATTGTGGCTTACTACTCCGGCAAAAAAGAACCCTTTGGCTATATAGGAATGGTATGAGCTATAATGGCAATTGGCCTACTAGGGTTCATTGTTTGAGCCCACCACATGTTTACAGTTGGGATAGATGTAGATACCCGTGCTTATTTTACATCTGCAACAATAATTATCGCAATCCCAACAGGGGTAAAAGTGTTTAGTTGACTAGCAACCCTTCATGGAGGCTCAATCAAATGGGAGACCCCACTCCTTTGGGCCCTGGGCTTTATTTTCCTCTTCACAGTAGGGGGTTTAACAGGCATTATCCTGGCCAATTCCTCCATTGACATCTCGCTCCACGACACTTATTATGTAGTAGCCCACTTCCACTACGTACTTTCCATGGGGGCTGTTTTTGCGATCATGGGAGCTTTTATCCACTGATTTCCCCTCTTCTCAGGCTACACCCTCCATAATACATGAACAAAAATCCATTTTGGAGTAATGTTTGTAGGGGTTAATCTT?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'AM-281'    ???????????????????????????????????????????????????TTATTCTGATTCTTCGGCCACCCAGAAGTTTATATTCTTATTCTACCCGGGTTTGGAATAGTCTCACACATTGTGGCTTACTACTCCGGCAAAAAAGAACCTTTTGGCTATATAGGAATAGTATGAGCTATAATGGCAATTGGCCTATTGGGGTTCATTGTGTGAGCCCATCATATGTTTACAGTCGGGATGGATGTAGACACCCGTGCTTATTTTACATCTGCAACAATAATCATCGCAATCCCAACAGGGGTAAAAGTGTTTAGTTGACTAGCAACCCTTCATGGGGGCTCAATCAAATGAGAAACCCCCCTCCTTTGGGCCCTGGGCTTTATTTTCCTTTTCACAGTAGGGGGTTTAACAGGTATTATTCTGGCCAATTCCTCCATTGACATCTCACTCCACGACACTTATTATGTGGTAGCCCACTTCCACTACGTACTTTCTATGGGGGCTGTCTTTGCAATCATGGGCGCTTTCATCCACTGATTCCCCCTCTTCTCAGGCTACACGCTTCATAGCACATGAACAAAAATCCATTTTGGGGTAATGTTTATAGGGGTTAATCTTAC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'AM-309'    ???????????????????????????????????????????????????TTATTCTGATTCTTCGGCCACCCAGAAGTTTATATTCTTATTCTACCCGGATTTGGAATAGTCTCACACATTGTGGCTTACTACTCCGGCAAAAAAGAACCTTTTGGCTATATAGGAATAGTATGAGCTATAATGGCAATTGGCCTATTGGGGTTCATTGTGTGAGCCCATCATATGTTTACAGTCGGGATGGATGTAGACACCCGTGCTTATTTTACATCTGCAACAATAATCATCGCAATCCCAACAGGGGTAAAAGTGTTTAGTTGACTAGCAACCCTTCATGGGGGCTCAATCAAATGAGAAACCCCCCTCCTTTGGGCCCTGGGCTTTATTTTCCTTTTCACAGTAGGGGGTTTAACAGGTATTATTCTGGCCAATTCCTCCATTGACATCTCACTCCACGACACTTATTATGTGGTAGCCCACTTCCACTACGTACTTTCTATGGGGGCTGTCTTTGCAATCATGGGCGCTTTCATCCACTGATTCCCCCTCTTCTCAGGCTACACGCTTCATAGCACATGAACAAAAATCCATTTTGGGGTAATGTTTATAGGGGTTAATCTTAC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'NIDN-30'   ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????TCTAGCTATCTC???????ATCACACACTATATGTAGTAGCCCACTTCCCATACGTACTTTCTATGGGGGCCG-TTTTGCAATCATGGGTGCTTTTATCCACTGATTCCCCCTCTTCTCAGGTTATACACTCCATAGTACATGGACAAAAATCCATTTTGGGGTAATGTTTGTAGGGGTTAATCTTACATTCTTCCCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'NIDN-69'   ?????????????????????????????????????????????????????????TGATTCTTCGGTCACCCAGAAGTTTATATTCTTATTTTACCCGGGTTTGGTATAGTTTCACATATTGTGGCTTACTACTCCGGCAAAAAAGAACCCTTTGGCTATATAGGAATGGTCTGAGCTATGATGGCAATTGGCCTATTAGGATTCATTGTCTGGGCCCACCACATATTCACAGTTGGAATAGATGTAGATACCCGTGCTTATTTTACATCTGCAACAATAATTATCGCGATCCCAACGGGGGTGAAAGTGTTTAGTTGATTAGCAACCCTTCATGGGGGCTCAATCAAATGAGAGACC????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????CGTACTTTCTATGGGGGCTGTTTTTGCAATCATGGGTGCTTTTATCCACTGATTCCCCCTCTTCTCAGGCTATACGCTCCATAGTACATGAACAAAAATCCATTTTGGAGTGATGTTTGTGGGGGTTAATCTTACATTCTTCCCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'STRI-100'  ??????????????????????GGGAGGAGACCCAGTCCCTTTACCAACACCTGTTCTGATTCTTCGGTCACCCAGAAGTTTATATTCTTATTTTACCAGGGTTTGGAATAGTATCGCACATTGTGGCTTACTACTCCGGCAAAAAAGAACCCTTTGGCTATATAGGAATGGTATGAGCTATAATGGCAATTGGCCTACTAGGGTTCATTGTTTGAGCCCACCACATGTTTACAGTTGGGATAGATGTAGATACCCGTGCTTATTTTACATCTGCAACAATAATTATCGCAATCCCAACAGGGGTAAAAGTGTTTAGTTGACTAGCAACCCTTCATGGAGGCTCAATCAAATGGGAAACCCCACTCCTTTGGGCCCTGGGCTTTATTTTCCTCTTCACAGTAGGGGGTTTAACAGGCATTATCCTGGCCAACTCCTCCATTGACATCTCGCTCCACGACACTTATTATGTAGTAGCCCACTTCCACTACGTACTTTCTATGGGGGCTGTTTTTGCGATCATGGGAGCTTTTATCCACTGATTTCCCCTCTTCTCAGGCTATGCCCTCCATAATACATGAACAAAAATCCATTTTGGAGTAATGTTTGTAGGGGTTAATCTTACATTCTTCCCACAACACTTTCTCGGCCTAGCTGGGATGCC????????????????????????????????????????
  'STRI-1466' ???????????????????????????GGAGACCCAGTCCTTTACCAACACCTGTTCTGATTCTTCGGTCACCCAGAAGTTTATATTCTTATTTTACCCGGGTTTGGAATAGTTTCGCATATTGTGGCTTACTACTCCGGCAAAAAAGAACCCTTTGGTTACATAGGAATGGTGTGAGCTATGATGGCAATTGGCCTATTAGGGTTCATTGTTTGAGCCCATCACATGTTTACAGTTGGAATAGATGTAGATACCCGTGCTTATTTTACATCCGCAACAATAATTATCGCAATCCCAACAGGGGTAAAAGTGTTTAGTTGATTAGCAACCCTTCATGGAGGCTCAATCAAATGAGAAACCCCGCTCCTTTGGGCCCTGGGCTTTATTTTCCTCTTCACAGTGGGGGGTTTAACAGGCATTATTCTAGCCAACTCCTCCATTGACATCTCACTCCACGACACTTATTATGTAGTAGCCCACTTCCACTATGTACTCTCTATGGGGGCTGTTTTTGCAATCATGGGTGCTTTTATCCACTGATTCCCCCTCTTCTCAGGCTATACACTCCATAGTACATGAACAAAAATCCATTTTGGAGTAATGTTTGTAGGGGTTAATCTTACATTCTTCCCACAACACTTTCTCGGCCTAGCTGGAATGCCCCGA????????????????????????????????????    
  'STRI-1552' ?????????????????????????????????????????????CAACACCTATTCTGATTCTTCGGTCACCCAGAAGTTTATATTCTTATTTTACCCGGGTTTGGAATAGTTTCACATATTGTGGCTTACTACTCCGGCAAAAAAGAACCCTTTGGTTATATAGGAATGGTGTGAGCTATGATGGCAATTGGCCTATTAGGGTTTATTGTTTGAGCCCACCACATGTTTACAGTTGGAATAGATGTAGATACCCGTGCTTATTTTACATCTGCAACAATAATTATCGCGATCCCAACGGGGGTGAAAGTGTTTAGTTGATTAGCAACCCTTCATGGGGGCTCAATCAAATGAGAGACCCCACTCCTTTGGGCCCTGGGCTTTATTTTCCTCTTCACAGTAGGGGGTTTAACAGGCATTATTCTAGCCAATTCCTCCATTGACATCTCGCTCCACGACACTTATTATGTAGTAGCCCACTTCCACTACGTACTTTCTATGGGGGCCGTTTTTGCAATCATGGGTGCTTTTATCCACTGATTCCCCCTCTTTTCAGGCTATACACTCCATAGTACATGAACAAAAATCCATTTTGGAGTAATGTTTGTAGGGGTTAATCTTACATTCTTCCCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'STRI-1648' ?????????????????????????????????????????????CAACACCTGTTCTGATTCTTCGGTCACCCAGAAGTTTATATTCTTATTTTACCCGGGTTTGGAATAGTTTCACATATTGTGGCTTACTACTCCGGCAAAAAAGAACCCTTTGGTTATATAGGAATGGTCTGAGCTATGATGGCAATTGGCCTATTAGGATTCATTGTTTGGGCCCACCACATATTCACAGTTGGAATAGATGTAGATACCCGTGCTTATTTTACATCTGCAACAATAATTATCGCGATCCCAACGGGGGTGAAAGTGTTTAGTTGATTAGCAACCCTTCATGGGGGCTCAATCAAATGAGAGACCCCGCTCCTTTGGGCCCTAGGCTTTATTTTCCTCTTCACAGTAGGGGGTTTAACAGGCATTATTCTAGCCAACTCCTCCATTGACATCTCACTCCACGACACTTATTATGTAGTAGCCCACTTCCACTACGTGCTTTCTATGGGGGCTGTTTTTGCAATCATGGGTGCTTTTATCCACTGATTCCCCCTCTTCTCAGGCTATACGCTCCATAGTACATGAACAAAAATCCATTTTGGAGTGATGTTTGTGGGGGTTAATCTTACATTCTTCCCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'STRI-3917' ????????????????????????????GAGACCCAGTCCTCTACCAACACCTGTTCTGATTCTTCGGTCACCCAGAAGTTTATATTCTTATTTTACCAGGGTTTGGAATAGTATCACACATTGTGGCTTACTATTCCGGCAAAAAAGAACCCTTTGGTTATATAGGAATGGTATGAGCTATGATGGCAATTGGCCTACTAGGGTTCATTGTTTGAGCCCACCACATGTTTACAGTCGGGATAGATGTAGATACCCGTGCTTATTTTACATCTGCAACAATAATTATCGCAATCCCAACAGGGGTAAAAGTGTTTAGTTGACTAGCAACCCTTCATGGAGGCTCAATCAAATGGGAAACCCCGCTCCTTTGGGCCCTGGGCTTTATTTTCCTCTTCACAGTAGGGGGTTTAACGGGCATTATCCTGGCCAATTCCTCCATTGACATCTCACTCCACGACACTTATTATGTAGTAGCCCACTTCCACTACGTACTTTCTATGGGGGCTGTTTTTGCAATCATGGGGGCTTTTATCCACTGATTTCCCCTCTTCTCAGGCTACACACTCCATAATACATGAACAAAAATCCATTTTGGAGTAATGTTTGTAGGGGTTAATCTTACATTCTTCCCACAACACTTTCTCGGTCTAGCTGGGATGCCCCGAC???????????????????????????????????
  'STRI-618'  ??????????????????????????????????????????????????????????????????GGTCACCCAGAAGTTTATATTCTTATTTTACCCGGGTTTGGAATAGTTTCACATATTGTGGCTTACTACTCCGGCAAAAAAGAACCCTTTGGTTATATAGGAATGGTCTGAGCTATGATGGCAATTGGCCTATTAGGATTCATTGTTTGGGCCCACCACATATTCACAGTTGGAATAGATGTAGACACCCGTGCTTATTTTACATCTGCAACAATAATTATCGCGATCCCAACGGGGGTGAAAGTGTTTAGTTGATTAGCAACCCTTCATGGGGGCTCAATCAAATGAGAGACCCC???????????????????TTTATTTTCCTCTTCACAGTAGGGGGTTTAACAGGCATTATTCTAGCCAACTCCTCCATTGACATCTCACTCCACGACACTTATTATGTAGTAGCCCACTTCCACTACGTACTTTCTATGGGGGCTGTTTTTGCAATCATGGGTGCTTTTATCCACTGATTCCCCCTCTTCTCAGGCTATACGCTCCATAGTACATGAACAAAAATCCATTTTGGAGTGATGTTTGTGGGGGTTAATATTACATTCTTCCCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'STRI-621'  ??????????????????????????????????????????????????????????????????GGTCACCCAGAAGTTTATATTCTTATTTTACCCGGGTTTGGAATAGTTTCACATATTGTGGCTTACTACTCCGGCAAAAAAGAACCCTTTGGTTATATAGGAATGGTCTGAGCTATGATGGCAATTGGCCTACTAGGATTCATTGTCTGGGCCCACCACATATTCACAGTTGGAATAGATGTAGATACCCGTGCTTATTTTACATCTGCAACAATAATTATCGCGATCCCAACGGGGGTGAAAGTGTTTAGTTGATTAGCAACCCTTCATGGGGGCTCAATCAAATGAGAGACCCC???????????????????TTTATTTTCCTCTTCACAGTAGGGGGTTTAACAGGCATTATTCTAGCCAACTCCTCCATTGACATCTCACTCCACGACACTTATTATGTAGTAGCCCACTTCCACTACGTACTTTCTATGGGGGCTGTTTTTGCAATCATGGGTGCTTTTATCCACTGATTCCCCCTCTTCTCAGGCTATACGCTCCATAGTACATGAACAAAAATCCATTTTGGAGTGATGTTTGTGGGGGTTAATATTACATTCTTCCCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'VZ-14'     ??????????????????????GAGGAGGAGACCCAGTCCTTTACCAACACCTGTTCTGATTCTTTGGCCACCCAGAAGTTTATATTCTCATCCTACCCGGATTCGGAATGGTCTCACACATCGTAGCCTACTACTCAGGCAAAAAAGAGCCTTTTGGTTATATAGGAATGGTGTGAGCTATAATGGCAATTGGCCTATTAGGCTTCATTGTCTGAGCCCACCACATGTTTACAGTCGGGATGGATGTAGACACCCGTGCTTATTTCACATCTGCAACAATAATCATCGCGATCCCAACTGGGGTAAAAGTATTTAGTTGACTGGCAACCCTCCACGGAGGCTCAATCAAATGAGAAACCCCACTCCTTTGGGCCCTGGGCTTTATTTTCCTCTTCACAGTAGGGGGTTTAACAGGCATTATCCTGGCCAACTCCTCCATTGATATTTCACTCCACGACACCTACTATGTGGTAGCCCACTTCCACTACGTACTTTCTATGGGGGCTGTCTTTGCAATTATGGGCGCTTTCATCCACTGATTCCCCCTATTCTCAGGCTATACACTCCATAGCACATGAACAAAAATTCATTTCGGGGTAATGTTTGTAGGGGTTAATCTTACATTCTTCCCACAACACTTCCTCGGCCTAGCTGGGATGCCCCGAC???????????????????????????????????  
  'VZ-9'      ?????????????????????????GAGGAGACCCAGTCCTTTACCAACACCTGTTCTGATTCTTTGGCCACCCAGAAGTTTATATTCTCATCCTACCCGGATTCGGAATGGTCTCACACATCGTAGCCTACTACTCAGGCAAAAAAGAGCCTTTTGGTTATATAGGAATGGTGTGAGCTATAATGGCAATTGGCCTATTAGGCTTCATTGTCTGAGCCCACCACATGTTTACAGTCGGGATGGATGTAGACACCCGTGCTTATTTCACATCTGCAACAATAATCATCGCGATCCCAACTGGGGTAAAAGTATTTAGTTGACTGGCAACCCTCCACGGAGGCTCAATCAAATGAGAAACCCCACTCCTTTGGGCCCTGGGCTTTATTTTCCTCTTCACAGTAGGGGGTTTAACAGGCATTATCCTGGCCAACTCCTCCATTGATATTTCACTCCACGACACCTACTATGTGGTAGCCCACTTCCACTACGTACTTTCTATGGGGGCTGTCTTTGCAATTATGGGCGCTTTCATCCACTGATTCCCCCTATTCTCAGGCTATACACTCCATAGCACATGAACAAAAATTCATTTCGGGGTAATGTTTGTAGGGGTTAATCTTACATTCTTCCCACAACACTTCCTCGGCCTAGCTGGGATGCCCCGAC???????????????????????????????????
;
End;

BEGIN sets;
	charset atp8=1-165;
	charset atp6=166-842;
	charset ATP=1-842;
	charset CO1=843-1544;
;	charset 1stPos=1-1542\3;
;	charset 2ndPos=2-1543\3;
;	charset 3rdPos=3-1544\3;
	CHARPARTITION atpVsco1=atp:ATP,co1:CO1;
;	CHARPARTITION codons=1st:1stPos, 2nd:2ndPos, 3rd:3rdPos;
END;
  set semigraph=yes;
   set cr=dist;
   set torder=left;
   set root=midpoint;
   dset dist=LogDet;
   dset MissDist=ignore;
   nj;