#Nexus
[[Bermingham,E. and Martin,A.P. Comparative mtDNA phylogeography of neotropical freshwater fishes:testing shared history to infer the evolutionary landscape of lower Central America]Mol. Ecol. 7 (4), 499-517 (1998)]
[Created: 7/1/99;11:55:20]
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  'STRI-1740' ATGCCCCAGTTAAATCCAATACCCTGATTCGGAATCCTAGTATTCTCTTGATTAATTTTTATTCTGGTTATCCCATCCAAAGTGCTTAAACACACCTTTAATTACGAGCCGACGATAATCAGCACTGAAAAATCTAAAATAAACCCCTGAGACTGACCATGGTACTAAATTTTTT?GACCAATTCATAAGCCCAACACACCTGGGTATCCCCTTAATTGCCATTGCCCTAACCTTTCCCTGAATTCTTTTCCCCTCTCCTTCAAGCCGATGATTAAATAATCGACTAATTACCTTACAAAACTGATTTATTAACCGCTTTACCCAACAACTTCTCCTGCCACTAAATCAAAACGGACACAAATGAGCCCTAATCTTTACTTCTTTAATAATTTTTCTCTTATCACTAAACATACTAGGCCTTCTTCCATATACCTTCACACCTACAACCCAGCTCTCACTAAATATGGGATTAGCCGTCCCATTCTGACTGGCCACAGTAATTATTGGAATACGAAATCAACCAACCGTAGCTTTAGGACATCTCTTACCCGAAGGTACCCCCGTACCTTTAATCCCAGTCCTGATCATTATCGAAACCATTAGCCTATTTATTCGACCATTAGCCTTAGGGGTACGACTAACAGCCAACCTCACAGCTGGCCACCTTCTAATTCAATTAATTGCAACCGCAGCCTTCGTACTTCTCCCAGTAATAACCACCGTGGCCATTCTCACTGCCACAATCCTGTTCCTACTAACACTTCTTGAAGTTGCAGTAGCCATGATTCAAGCGTACGTATTTGTACTCCTCCTAAGCCTATATTTACAAGAAAACGTTTAA
  'STRI-1741' ATGCCCCAGTTAAATCCAATACCCTGATTCGGAATCCTAGTATTCTCTTGATTAATTTTTATTCTGGTTATCCCATCCAAAGTGCTTAAACACACCTTTAATTACGAGCCGACGATAATCAGCACTGAAAAATCTAAAATAAACCCCTGAGACTGACCATGGTACTAAATTTTTT?GACCAATTCATAAGCCCAACACACCTGGGTATCCCCTTAATTGCCATTGCCCTAACCTTTCCCTGAATTCTTTTCCCCTCTCCTTCAAGCCGATGATTAAATAATCGACTAATTACCTTACAAAACTGATTTATTAACCGCTTTACCCAACAACTTCTCCTGCCACTAAATCAAAACGGACACAAATGAGCCCTAATCTTTACTTCTTTAATAATTTTTCTCTTATCACTAAACATACTAGGCCTTCTTCCATATACCTTCACACCTACAACCCAGCTCTCACTAAATATGGGATTAGCCGTCCCATTCTGACTGGCCACAGTAATTATTGGAATACGAAATCAACCAACCGTAGCTTTAGGACATCTCTTACCCGAAGGTACCCCCGTACCTTTAATCCCAGTCCTGATCATTATCGAAACCATTAGCCTATTTATTCGACCATTAGCCTTAGGGGTACGACTAACAGCCAACCTCACAGCTGGCCACCTTCTAATTCAATTAATTGCAACCGCAGCCTTCGTACTTCTCCCAGTAATAACCACCGTGGCCATTCTCACTGCCACAATCCTGTTCCTACTAACACTTCTTGAAGTTGCAGTAGCCATGATTCAAGCGTACGTATTTGTACTCCTCCTAAGCCTATATTTACAAGAAAACGTTTAA
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  'STRI-62'   ATGCCCCAGTTAAATCCAATACCCTGATTCGGAATCCTAGTATTCTCTTGATTAATTTTTATTCTGGTTATCCCGTCCAAAGTACTTAAGCACACCTTTAATTATGAGCCGACGATAGCCAGCACTGAAAAATCTAAAATAAACCCCTGAGACTGACCATGGTACTAAATTTTTT?GATCAATTTATAAGCCCAACACACCTGGGTATTCCCCTAATTGCAATTGCCCTAACTTTTCCCTGAATTCTTTTCCCCTCTCCTTCAAGCCGATGGTTAAATAATCGACTAATTACCCTACAAAACTGATTTATTAACCGCTTCACCCAACAACTTCTCCTGCCACTAAATCAAAGCGGGCACAAATGAGCCCTAATCTTTACTTCTCTAATAATTTTTCTATTATCACTAAACATACTAGGCCTTCTACCATATACCTTCACACCTACAACCCAGCTCTCATTAAATATGGGTTTAGCCGTCCCATTCTGACTGGCCACAGTAATTATTGGAATACGAAATCAACCAACCGCAGCTTTAGGACATCTCTTACCCGAAGGTACCCCCGTACCCTTAATCCCAGTCCTAATTATTATCGAAACCATTAGCTTATTTATTCGACCACTAGCCTTAGGGGT?CGACTAACAGCCAACCTCACAGCTGGCCACCTTCTAATTCAACTAATTGCAACCGCAGCCTTCGTACTTCTCCCAATAATAACCACTGTGGCCATTCTCACTGCCACAATCTTGTTCTTACTAACACTTCTTGAAGTTGCAGTAGCCATGATTCAAGCGTACGTATTTGTACTCCTCCTAAGCCTATATCTACAAGAAAACGTCTAA
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  'AM-18'     ?????????????????????????????????????????????CAACACCTATTCTGATTTTTTGGACACCCCGAAGTATATATTCTAATTTTACCCGGATTCGGAATGATTTCTCATATTGTAGCCTATTACGCAGGCAAAAAAGAACCCTTCGGCTACATGGGCATGGTCTGAGCCATAATAGCAATTGGCCTCCTTGGCTTTATTGTTTGGGCTCACCACATGTTTACTGTTGGAATAGACGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCCGCAACAATAATTATCGCGATCCCTACCGGGGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCCACCCTGCACGGGGGTTCTATTAAATGGGAAACCCCACTCCTCTGGGCCCTTGGTTTTATTTTCCTTTTCACAGTGGGAGGCTTAACGGGTATTGTCTTAGCCAACTCTTCATTAGACATTGTTTTACATGACACCTACTACGTAGTTGCCCACTTCCACTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTATTTGCCATTATGGGGGCCTTCGTTCACTGATTCCCCTTATTCTCGGGGTACACCCTCCACAACACTTGAACAAAAGTACACTTTGCAGTAATATTTGTAGGTGTAAATCTAACC??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'AM-194'    ??????????????????????????????????????TCTCTACCAACACCTATTCTGATTTTTTGGGCACCCCGAAGTATATATTCTAATTTTACCCGGATTCGGAATGATTTCTCATATTGTGGCCTACTACGCAGGTAAAAAAGAACCCTTCGGCTACATGGGTATGGTCTGAGCTATAATAGCAATCGGCCTCCTCGGCTTTATCGTTTGGGCTCACCATATGTTTACTGTTGGAATAGATGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCTGCAACAATAATTATCGCGATCCCTACGGGGGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCCACCCTACACGGGGGTTCTATTAAATGAGAAACCCCACTCCTCTGAGCCCTTGGTTTTATCTTCCTTTTCACAGTGGGGGGCCTAACGGGAATTGTTTTAGCCAACTCTTCATTAGATATTGTTTTACATGACACCTACTACGTGGTTGCCCACTTCCACTATGTTTTATCTATAGGAACTGTATTTGCCATTATGGGAGCCTTCGTTCACTGATTCCCCCTATTCTCGGGGTACACCCTCCACAGCACTTGAACAAAAGTACACTTTGCAGTAATATTTGTAGGTGTAAACCTAACCTTCTTTCCCCAACACTTCTTAGGATTGGCCGGAATACCGCGA????????????????????????????????????
  'AM-205'    ??????????????????????????????????????????TACCAACACCTATTCTGATTTTTTGGGCACCCCGAAGTATATATTCTAATTTTACCCGGATTCGGAATGATTTCTCATATTGTGGCCTACTACGCAGGTAAAAAAGAACCCTTCGGCTACATGGGTATGGTCTGAGCTATAATAGCAATCGGCCTCCTCGGCTTTATCGTTTGGGCTCACCACATGTTTACTGTTGGAATAGATGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCTGCAACAATAATTATCGCGATCCCTACGGGGGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCCACCCTACACGGGGGTTCTATTAAATGAGAAACCCCACTCCTCTGAGCCCTTGGTTTTATCTTCCTTTTCACAGTGGGGGGCCTAACGGGAATTGTTTTAGCCAACTCTTCATTAGATATTGTTTTACATGACACCTACTACGTGGTTGCCCACTTCCACTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTATTTGCCATTATGGGAGCCTTCGTTCACTGATTCCCCYTATTCTCGGGGTACACCCTCCACAGCACTTGAACAAAAGTACACTTTGCAGTAATATTTGTAGGTGTAAACCTAACCTTCTTTCCCCAACACTTCTTAGGATTGGCCGGAATACCGCGA????????????????????????????????????
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  'AM-61'     ????????????????????????????????CCATTCCTTCCACCAACACCTATTCTGATTTTTTGGACACCCCGAAGTATATATTCTAATTTTACCCGGATTCGGAATGATTTCTCATATTGTAGCCTATTACGCAGGCAAAAAAGAACCCTTYGGCTACATGGGCATGGTCTGAGCCATAATAGCAATTGGCCTCCTTGGCTTTATTGTTTGGGCTCACCACATGTTTACTGTTGGAATAGACGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCCGCAACAATAATTATCGCGATCCCTACCGGGGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCCACCCTGCACGGGGGTTCTATTAAATGGGAAACCCCACTCCTCTGGGCCCTTGGTTTTATTTTCCTTTTCACAGTGGGAGGCTTAACGGGTATTGTCTTAGCCAACTCTTCATTAGACATTGTTTTACATGACACCTACTACGTAGTTGCCCACTTCCACTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTATTTGCCATTATGGGGGCCTTCGTTCACTGATTCCCCTTATTCTCGGGGTACACCCTCCACAACACTTGAACAAAAGTACACTTTGCAGTAATATTTGTAGGTGTAAATCTAACCTTCTTCCCCCAACACTTCTTAGGGTTAGCCGGAATACCACGACGTTTCTCAGACTACCC???????????????????  
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  'NIDN-61'   ??????????????????????????????????????????????????????TTCTGATTTTTTGGGCACCCCGAAGTATATATTCTAATTTTACCCGGATTCGGAATGATTTCTCACATTGTAGCCTACTACGCAGGTAAAAAAGAACCTTTCGGCTACATGGGCATGGTCTGAGCCATAATAGCAATTGGCCTCCTTGGCTTTATCGTTTGAGCTCATCACATGTTTACTGTTGGAATAGACGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCCGCAACAATAATTATCGCGATCCCTACCGGGGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCCACCCTGCACGGAGGCTCTATTAAATGGGAAACCCCACTCCTCTGAGCCCTTGGTTTTATTTTCCTTTTCACAGTGGGAGGCTTAACGGGGATTGTCTTAGCCAACTCTTCATTAGATATTGTTTTACATGACACCTACTACGTAGTTGCCCACTTCCACTATGTTTTATCCATAGGAGCT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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  'NIDN-66'   ??????????????????????????????????????????????????????TTCTGATTTTTTGGGCACCCCGAAGTATATATTCTAATTTTACCCGGATTCGGAATGATTTCTCACATTGTAGCCTACTACGCAGGTAAAAAAGAACCTTTCGGCTACATGGGCATGGTCTGAGCCATAATAGCAATTGGCCTCCTTGGCTTTATCGTTTGGGCTCATCACATGTTTACTGTTGGAATAGACGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCCGCAACAATAATTATCGCGATCCCTACCGGGGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCCACCCTGCACGGAGGCTCTATTAAATGGGAAACCCCACTCCTCTGAGCCCTTGGTTTTATTTTCCTTTTCACAGTGGGAGGCTTAACGGGGATTGTCTTAGCCAACTCTTCATTAGATATTGTTTTACATGACACCTACTACGTAGTTGCCCACTTCCACTATGTTTTATCCATAGGAGCT???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
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  'STRI-1498' ???????????????????????????????????????????????????CTATTCTGATTTTTTGGGCACCCCGAAGTATATATTCTAATTTTACCCGGATTCGGAATGATTTCTCACATTGTGGCCTACTACGCAGGTAAAAAAGAACCCTTCGGCTACATGGGCATGGTCTGAGCTATAATAGCAATTGGCCTCCTCGGCTTTATTGTTTGGGCTCACCACATGTTTACTGTTGGAATAGATGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCTGCAACAATAATTATCGCGATCCCTACTGGGGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCCACCTTACACGGGGGTTCTATTAAATGAGAAACCCCGCTCCTCTGAGCCCTTGGTTTTATCTTCCTTTTCACAGTGGGAGGCCTAACGGGAATTGTTTTAGCCAACTCTTCATTAGACATTGTTTTACATGACACCTACTACGTGGTTGCCCACTTCCACTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTATTTGCCATTATGGGGGCCTTCGTTCACTGATTCCCCTTATTCTCGGGGTACACCCTCCACAGCACTTGAACAAAAGTACACTTTGCAGTAATATTTGTAGGTGTAAACCTAACCTTCTTCCCCCAACACTTCTTAGGATTAGCCGGAATACCGCGACG??????????????????????????????????
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  'STRI-4898' ???????????????????????????????????????????????????CTATTCTGATTTTTTGGGCACCCCGAAGYATATATTCTAATTTTACCCGGATTCGGAATGATTTCTCATATTGTGGCCTACTACGCAGGTAAAAAAGAACCCTTCGGCTATATGGGTATGGTCTGAGCTATAATAGCAATTGGCCTCCTCGGCTTTATCGTTTGGGCTCACCACATGTTTACTGTTGGAATAGATGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCTGCAACAATAATTATCGCGATCCCTACTGGGGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCCACCCTACACGGGGGTTCTATTAAATGAGAAACCCCGCTCCTCTGAGCCCTTGGTTTTATCTTCCTTTTCACAGTGGGGGGCCTAACGGGAATTGTTTTAGCCAACTCTTCATTAGATATTGTTTTACATGACACCTACTACGTGGTTGCCCACTTCCACTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTATTTGCCATTATGGGAGCCTTCGTTCACTGATTCCCCTTATTCTCGGGGTACACCCTCCACAGCACTTGAACAAAAGTACACTTTGCAGTAATATTTGTAGGTGTAAACCTAACCTTCTTTCCCCAACACTTCTTAGGATTGGCCGGA?????????????????????????????????????????????
  'STRI-583'  ?????????????????????????????????????????????????????????TGATTTTTTGGGCACCCCGAAGTATATATTCTAATTTTACCTGGATTCGGAATGATTTCCCATATTGTAGCCTACTACGCAGGTAAAAAAGAACCCTTCGGCTACATGGGCATGGTTTGAGCCATAATAGCTATTGGTCTCCTTGGCTTTATCGTTTGGGCTCACCACATGTTTACTGTTGGAATAGACGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCCGCAACAATAATTATCGCGATCCCTACCGGGGTAAAAGTATTTAGTTGATTAGCCACCCTGCACGGAGGTTCTATTAAATGGGAAACCCCACTCCTTTGAGCCCTTGGTTTTATTTTCCTTTTCACAGTGGGGGGCTTAACGGGGATTGTCTTAGCCAACTCTTCATTAGACATTGTTTTACATGACACCTACTACGTAGTTGCTCACTTCCACTATGTTTTATCTATGGGAGCTGTATTTGCCATTATGGGGGCCTTCGTTCACTGATTCCCCTTATTCTCGGGGTACACCCTCCACAACACTTGAACAAAAGTACACTTTGCAGTAATATTTGTAGGTGTAAACCTAACCTTCTTCCCC?????????????????????????????????????????????????????????????????????
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  'STRI-626'  ??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????GTATATATTCTAATTTTACCCGGATTCGGAATGATTTCTCATATTGTAGCCTACTACGCAGGTAAAAAAGAACCCTTCGGCTACATGGGCATGGTCTGAGCCATAATAGCAATTGGTCTCCTTGGCTTTATCGTTTGGGCTCACCACATGTTTACTGTTGGAATAGACGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCCGCGACAATAATTNNNNNNNNNNNNACTGGAGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCCACCCTACACGGAGGCTCTATTAAATGGGAAACCCCTCTCCTCTGAGCCCTTGGTTTTATTTTCCTTTTCACAGTGGGGGGCTTAACGGGGATTGTCTTAGCCAACTCTTCATTAGATATTGTTTTACATGACACCTACTATGTGGTTGCCCACTTCCACTATGTTTTATCCATAGGAGCTGTATTTGCCATTATGGGGGCCTTCGTTCACTGATTCCCCTTATTCTCGGGGTATACCCTACACAGCACTTGAACAAAAGTACACTTTGCAGTAATATTTGTAGGTGTTAACCTAACCNNNTTCCCC?????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'STRI-63'   ?????????????????????????????????????????????CAACACCTATTCTGATTTTTTGGGCACCCCGAAGTATACATTCTAATTTTACCCGGATTCGGAATGATTTCTCACATTGTAGCCTACTACGCAGGTAAAAAAGAACCATTCGGCTACATGGGCATGGTCTGGGCCATAATAGCAATTGGCCTCCTTGGCTTTATCGTTTGGGCTCACCACATGTTTACTGTTGGAATAGACGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCCGCAACAATAATTATCGCGATCCCTACTGGGGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCCACCCTACACGGAGGTTCTATTAAATGGGAAACCCCGCTCCTCTGAGCCCTTGGTTTTATCTTCCTTTTCACAGTGGGGGGTTTAACCGGGATTGTCTTAGCCAATTCTTCATTAGATATTGTTTTACATGACACCTACTACGTAGTTGCCCACTTCCACTATGTTTTATCTATAGGAGCTGTATTTGCCA?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'STRI-798'  ??????????????????????????????????????????????????????TTCTGATTTTTTGGACACCCCGAAGTATATATTCTAATTTTACCCGGATTCGGAATGATTTCTCATATTGTGGCTTACTACGCGGGTAAAAAAGAACCCTTCGGCTACATGGGCATGGTCTGAGCCATAATAGCAATTGGCCTTCTCGGCTTTATCGTTTGGGCCCACCACATATTTACTGTTGGGATAGACGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCCGCAACAATAATTATCGCGATCCCTACAGGGGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCCACCTTACATGGGGGGTCTATTAAATGGGAAACCCCACTTCTCTGAGCCCTTGGCTTTATTTTCCTCTTCACAGTGGGGGGCTTAACGGGAATTGTCTTAGCCAACTCTTCATTAGATATTGTTTTACACGACACCTACTACGTNGTTGCCCACTTCCACTATGTTTTATCTATGGGAGCTGTATTTGCTATTATGGGGGCCTTCGTCCACTGATTCCCTCTATTCTCAGGGTACACCCTTCACAGCACTTGAACAAAAGTACAC???????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????
  'VZ-117'    ??????????????????????????????????????????????????????TTCTGATTTTTTGGTCACCCTGAAGTATATATCCTAATTTTACCCGGATTCGGAATGATTTCTCATATTGTAGCCTACTACGCAGGTAAAAAAGAACCCTTCGGCTACATGGGTATGGTCTGGGCCATAATAGCAATTGGCCTCCTCGGGTTTATCGTTTGGGCCCACCACATGTTTACTGTTGGAATGGACGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCTGCAACAATGATTATCGCGATCCCCACCGGGGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCCACCTTACACGGTGGCTCTATTAAATGAGAAACCCCCCTCCTCTGAGCCCTCGGTTTTATCTTCCTTTTCACAGTGGGGGGCCTAACGGGAATTGTCTTAGCCAATTCTTCACTAGATATTGTTTTACATGACACCTACTATGTGGTTGCCCATTTCCACTATGTTTTATCTATGGGGGCCGTATTTGCCATTATGGGGGCCTTCGTTCACTGATTTCCCTTATTCTCAGGGTACACCCTTCACAGCACTTGAACAAAGGTACACTTTGCAGTAATATTTGTAGGTGTAAACCTAACCTTCTTCCCCCAACACTTCTTAGGGTTAGCTGGAATACCACGGCGTTACTC????????????????????????????
  'VZ-95'     ??????????????????????????????????????????????????????TTCTGATTTTTTGGTCACCCTGAAGTATATATCCTAATTTTACCCGGGTTCGGAATGATTTCTCATATTGTAGCCTACTACGCAGGTAAAAAAGAACCCTTCGGCTACATGGGTATGGTCTGGGCCATAATAGCAATTGGCCTCCTCGGCTTTATCGTTTGGGCCCACCACATGTTTACTGTTGGAATGGACGTAGACACTCGCGCATACTTTACCTCTGCAACAATGATTATCGCGATCCCTACCGGGGTAAAAGTATTTAGCTGATTAGCCACCTTACACGGTGGCTCTATTAAATGAGAAACCCCCCTCCTCTGAGCCCTCGGTTTTATCTTCCTTTTCACAGTGGGGGGCCTAACGGGAATTGTCTTAGCCAACTCTTCACTAGATATTGTTTTACATGACACCTACTATGTGGTTGCCCATTTCCACTATGTTTTATCTATGGGGGCTGTATTTGCCATTATGGGGGCCTTCGTTCACTGATTCCCCTTATTCTCAGGGTACACCCTTCACAGCACTTGAACAAAGGTACACTTTGCAGTAATATTTGTAGGTGTAAACCTAACCTTCTTCCCCCAACACTTCTTAGGGTTAGCTGGGATACCACGGCGTTACTC????????????????????????????
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End;
BEGIN sets;
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;	CHARPARTITION codons=1st:1stPos, 2nd:2ndPos, 3rd:3rdPos;
END;
  set semigraph=yes;
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   nj;